I lavori saranno suddivisi secondo la necessità delle diverse aree:

• al piano superiore, saranno condotte indagini per valutare la vulnerabilità sismica e strutturale, attraverso prove di carico. Saranno inoltre migliorati i percorsi e gli spazi verdi, e verrà installato un nuovo sistema di illuminazione. Verrà realizzata un'area di accoglienza per il pubblico, dotata di sedute, e verrà ripristinata la volta dell'ambiente crollato. Saranno realizzati collegamenti verticali tra la zona superiore e inferiore, e le murature saranno restaurate. Saranno inoltre creati allestimenti didattici per arricchire l'esperienza dei visitatori;
• al piano inferiore, sarà sistemato l'ambiente adiacente all'ingresso per creare un punto di accoglienza o un bookshop. Sarà realizzata una passerella di collegamento tra le due parti dell'edificio e saranno creati nuovi percorsi. Saranno completati gli scavi archeologici e verrà aggiornato il sistema multimediale al termine dei lavori. Saranno eseguite opere di restauro sull'affresco della "Città Dipinta" e sul "Grande mosaico" per garantirne la conservazione e migliorarne la visibilità;
• Sulle superfici decorate verrà eseguito un trattamento biocida preventivo e saranno rimossi i depositi superficiali tramite un’operazione di pulizia. Saranno eseguiti consolidamenti e stuccature per preservare e ripristinare le superfici decorate.